Peynir mayası, canlı bakteriyel organizmalardan oluşan ve sütün kimyasal yapısını değiştirerek sütün pıhtılaşması ile peynire dönüşmesini sağlayan bir enzimdir. Günümüzde genellikle hazır peynir mayaları satılmaktadır. Geçmişte ise peynir mayaları, buzağıların şirdeninden ve kursağından elde edilirdi. İnek, keçi, koyun gibi hayvanların genç yavruları kesilip şirden kısmı çıkartılarak, mukoza kısmı soyulup yağı akıtılarak ve kurutularak peynir mayası elde edilirdi.

Peynir mayası üretiminde bitkisel yöntemle peynir mayası elde etmek mümkündür. Birçok bitkinin pıhtılaşma özellikleri vardır. Bilim insanları incir sütünü koagüle etmek amacıyla kullanmıştır. Bunların yanında ebegümeci, devedikeni, kapari yaprakları gibi bitkiler de değişik türde peynir yapımında kullanılmıştır. Bitkisel peynir mayasına fermente edilmemiş soya fasulyesinden elde edilen fitik asit ya da fermente edilerek elde edilen kimozin de peynir mayası olarak kullanılmıştır. Sebze kökenli mayalar genellikle kaşar ve helal peynir üretiminde kullanılsa da günümüzde yaygınlığını yitirmiştir. Dünya genelinde sebze kökenli peynir mayası üretimi yapan bir sanayi kuruluşu yoktur.

Peynir üretiminde hayvansal maya kullanımı da vardır. Hayvansal peynir mayası üretiminde, genellikle geviş getiren hayvanların dördüncü mide dediğimiz abomazumdan (şirden) elde edilmektedir. Midenin birtakım işlemlerden geçirilip kurutulma işlemleri ile hazır hale getirilir.

Peynir mayası eldesinde mikrobiyal işlemler ile de maya üretilebilmektedir. Rhizomucor michei gibi bazı küflerden proteolitik enzimler üretilmektedir. Bu küfler bir fermentörde üretilir, daha sonra özel olarak konsantre edilir. Küf gelişimi sırasında oluşan yan ürünlerin mayaya bulaşmaması için saflaştırma işlemi yapılarak ari tutulur.

Peynir mayaları ticari olarak birkaç isim altında hazırlanmış, piyasada Mysecoren, Mys Fermente, Yayla Mucoren gibi farklı peynir mayaları bulunmaktadır. Mysecoren peynir mayası beş çeşit grupta kuvvetlilik derecesine göre (Mysecoren 200, Mysecoren 200HC, Mysecoren 225, Mysecoren 450, Mysecoren 690) sınıflandırılmıştır. Mysecoren peynir mayası, sıvı veya granüllü olmasına göre, kuvvete göre, kimozin/pepsin oranına göre sınıflandırılmıştır. Yayla Mucoren ticari isim altında üretim yapan peynir mayası ise iki grup altında satışa sunulmaktadır. Sıvı formda satışı yapılan peynir mayası Yayla ticari ismiyle, granüllü formda satışı yapılan maya ise Mucoren ticari isimli marka altında satılmaktadır. Her iki peynir mayası da Rhizomucor miehei'nin suşundan fermantasyon ile elde edilmiş bir proteolitik enzim preparatıdır. Yayla120, Yayla220, Yayla750, Mucoren1400, Mucoren2000, Mucoren2600 gibi çeşitleri mevcuttur. Bir de peynir mayalarından ticari olarak üretilen Mys Fermente peynir mayası markası vardır. Bu peynir mayası ise saf yüzde yüz kimozin içerir. Mys Fermente maya Rekombinant DNA (R-DNA) teknolojisi ile Kluyveromyces lactis'in fermantasyonu ile üretilmektedir. Bütün peynir çeşitleri için uygun olan Mys Fermente peynir mayası, MYS180, MYS600 ve MYS1800 şeklinde sıvı veya granüllü marka sınıflandırması vardır.